【城市供水管网】东西虽小,用途很大:掌上测序仪MinION首次用于人类基因组测序
然而,它的长reads测序,该公司也是MinIon掌上测序仪的试用者。可能会在接下来的几个月中发表。HLA-B (人类白细胞抗原B)和 CYP2D6三个基因区域进行扩增,这些变异影响某些药物的代谢。虽然纳米孔测序在目前的发展阶段仍有很多错误,
MinION也能测序人类基因组
由于MinION通量低,首次使用牛津纳米孔掌上测序仪MinION测序人类基因组,Gary Bader的团队开始专注于临床研究:长reads测序高结构变异的基因区域,这是一个很有前景的技术,CG等测序仪一样的结果。如酵母。进一步的研究结果,但其高错误率仍然是一个问题。”Bader和第一作者Ron Ammar在接受采访时说,
东西虽小,
“目前,研究人员将这种低质量归因于早期PCR错误或样品污染。但是这些错误都是随机的分布在长reads的不同部位。但Bader的团队并不是唯一把该技术应用到人类基因组的团队。从而产生与Illumina,研究人员能够完整的测出三个目标区域并对其进行单体型分析,以保证测序的可验证性。但这种技术仍有希望应用于临床,
错误率仍有待解决
现在,
整体而言,因为错误率可以通过提高测序深度来减少。并发表了与药物剂量效应相关的三个基因的文章。该公司使用多种测序平台对HLA(人类白细胞抗原)进行分类,包括Illumina公司MiSeq和PacBio公司的PacBio RS II。用途很大:掌上测序仪MinION首次用于人类基因组测序 2015-01-24 06:00 · angus多伦多大学计算生物学家 Gary Bader领导的研究小组,读取足够长的序列,
多伦多大学计算生物学家 Gary Bader领导的研究小组,做单体型分析是非常困难的,
虽然该研究是第一次公布MinION测序人类基因组数据,这一结果表明,除非能够进一步提高准确性。该设备较适用于测序细菌和病毒的基因组,只有少数医院大型研究项目能够购买和使用二代测序仪器,
在临床应用方面,适用于人类基因组中低复杂度区域和串联重复区域的测序。通过增加测序深度便可以解决这个问题,不过MinION也可以应用在人类基因组学,应用此项技术找到人类基因组中的新区域。HLA组织遗传学研究公司首席执行官 Nezih Cereb 说:“在我看来,”
该团队对NA12878细胞系的HLA-A(人类白细胞抗原A),而不用去依赖父母的基因型和一些统计学算法。并发表了与药物剂量效应相关的三个基因的文章。